云闪付最大的弊端，就是受到小额免密免签的影响导致的盗刷风险。一旦卡片丢失，就有可能受到不法分子进行盗刷。不过目前，中国银联已联合各商业银行建立了“风险全额赔付”保障机制，持卡人挂失前72小时进行全额赔付。同时，为了防止盗刷，云闪付采取限制单日交易次数，限制单笔交易数额等措施，这也导致了，正常交易也要受到交易次数和限额的影响，便捷性有所下降。
